山东省农业微生物重点实验室研究已经取得明显的优势和特色。实验室依托山东农业大学生物学一级学科博士学位授权点和博士后科研流动和植物保护一级学科博士学位授权点和博士后科研流动，具有很好的支撑平台。目前实验室有科学院院士1人，国家有突出贡献专家1人，国家百千万人才3人，泰山学者2人，教授15人，副教授10人，讲座教授2人，其中博士生导师13人，具有博士学位的25人。目前实验室已经形成3的稳定的优势研究方向：
1、农业微生物多样性与资源： 主要研究真菌和地衣生物多样性及其系统学、分子生物地理学等方面的研究以及物种资源与基因资源储备的研究；资源微生物功能基因和分离与利用。
2、植物病原微生物与控制：主要研究重要植物病害预警治理、发病机理；病原微生物致病性相关基因的可隆和功能研究；利用生物多样性控制有害微生物的机制研究；重大植物病原微生物全基因组的研究; 抗病相关基因的克隆与利用；利用昆虫病原微生物控制害虫的研究。
3、环境微生物及其功能基因组：主要研究中国极端环境真菌的种类和分布；研究极端环境真菌功能基因和具有重要应用价值基因的分离和克隆；极端环境真菌线粒体全基因组测序; 农业污染环境微生物研究;生物质（淀粉、纤维素、几丁质）高效转化微生物淀粉酶、纤维素酶、几丁质酶基因的分离和基因工程菌构建；沼气相关微生物的分离及其应用关键技术。近3年主持承担国家973、863计划，国家支撑计划，国家自然科学基金，国家转基因生物重大专项课题，农业部行业专项课题等国家科研课题。在国内外高水平学术刊物发表论文300多篇，其中SCI收录100多篇，学术专著10部，获得和申请的发明专利14个，取得省部级科研成果6项。积极参加科技服务活动，推广各种科技技术多项，产生了很好的社会经济效益。 本实验室泰山学者付道林教授2009年在Science上发表文章，泰山学者储昭辉教授在Genes and Development上发表文章。目前，实验室仪器设备总值2100多万元，实验室面积3600平方米。
